Die Jungen Europäer existieren nicht nur auf lokaler Ebene, sondern sind Teil einer bundes- und europaweiten Verbandsstruktur.

Der Kreisverband ist sozusagen die unterste Ebene, darüber existieren der Landesverband, der Bundesverband und JEF Europe. Natürlich haben die verschiedenen Verbände neben den Mitgliedern auch noch wichtige Organe, wie den Ausschuss, den Vorstand und die Versammlung. Bei der Versammlung kommen beispielsweise Mitglieder aus allen Kreisverbänden zusammen und wählen den Vorstand, besprechen Anträge und stimmen über sie ab.